Hagan Bayley教授作意昂3体育官网“大學堂”講座——納米孔:從基因測序到器官修復

應意昂3体育官网“大學堂”頂尖學者講學計劃的邀請,牛津大學化學生物學教授Hagan Bayley於2023年10月訪問意昂3体育,並於10月23日在意昂3体育官网第二體育館報告廳作了題為“The remarkable science of nanopores: from gene sequencing to organ repair”的講座。講座由生物醫學前沿創新中心(BIOPIC)黃巖誼教授主持。

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Hagan Bayley作演講

Hagan Bayley於2011年當選為英國皇家學會會員,2012年當選為威爾士學會會員👱🏼,2014年𓀆,科學委員會認定他為英國100位領先進實踐科學家之一。他是第三代測序方法納米孔測序技術的開發者之一,該方法徹底改變了測序的方式👦。他的實驗室主要研究領域包括開發用於隨機檢測的工程孔道,研究單分子水平上的共價化學🫳🏽,超快速DNA測序和合成組織的製造😾。他的實驗室還開發了用於製造3D組織(包括活體和合成)的技術👆🏼🧑🏿‍💼。

Hagan Bayley從生物體中一類特殊的膜蛋白——納米孔講起🙅🏼‍♂️,納米孔是生化領域一個基礎科學研究領域,人體會用其來抵抗病原體🤦🏻,細菌也會用其對人類發起進攻。他的課題組選擇了細菌中常見毒素且結構相對簡單的α-hemolysin 蛋白孔進行研究。研究得知該蛋白由七條肽鏈組成,具有作為入口的vestibule cavity和作為跨膜通道的β barrel兩個區域,兩者之間有一個收縮的區域,可以限製通過的分子。其通道直徑在幾十納米的尺度,也因此被稱為納米孔。

在對其結構深入研究後💂‍♀️,Hagan Bayley課題組不斷思考其更廣泛的應用場景,根據納米孔的跨膜和通道性質,他想到可以通過單通道電記錄來分析納米孔的開放狀態,從而得知其內部通過的物質性質🚸,這被稱為隨機感測,其基礎是單分子和納米孔之間的非共價相互作用。為了檢測特定分子🚣🏽,納米孔會被施以特定的工程改造,使得它可以和目標分子發生非共價相互作用。

Hagan Bayley展示了納米孔的多種應用場景,首先,它能用於進行手性分子的檢驗🙌🏼,由於收縮區域和兩種手性分子的相互作用不同😰,兩種手性分子在經過納米孔時檢測的電流出現了可見的變化。他們將納米孔與helicase等酶結合使用,創造出了三代測序的代表技術👰🏽‍♂️:納米孔測序。由於DNA鏈的不同堿基在通過納米孔時相互作用不同,膜兩側的電極可以檢測到可變的電流變化,再輔以機器學習算法來對變化的電流進行解碼,就可以得到通過的DNA鏈序列🚣🏻‍♀️。該算法在不斷迭代下準確率已經達到99%。除了算法,不同納米孔的使用或者納米孔的不同工程改造(如雙探測頭)也可以有效提高測序準確性。該測序技術具有測序讀長長、速度快💇‍♀️🚧、可便攜性、高通量等優勢🧔,填補了人類基因組中此前未能測到的部分序列😠,如終止子的重復序列等🏄🏽‍♂️。

此外,他們還使用納米孔進行多肽測序👳🏽‍♂️,通過電滲流提供牽引多肽的動力,實現了基於納米孔的無酶多肽翻譯後修飾檢測,成功檢測了蛋白C端修飾🍅、完整蛋白的多重修飾等🎮。

在納米孔的各種應用場景中,很重要的工程是將承載納米孔的雙層膜縮小。在此過程中🫶,Hagan Bayley發現水滴可以通過脂質雙層連接以形成網絡👩🏼‍🔧,嵌在脂雙層上的蛋白孔則成為了水滴間物質交換的渠道。他的研究團隊據此通過3D打印的液滴網絡實現了“合成組織”🚂,這是合成生物學領域少有人探索的領域。他們打印出數千個小液滴構成的網絡🈲,形成了特定的排列結構和連接結構🏅,還實現了通過電極,磁場或光信號等對組織的控製⌚️。在一些特殊的結構中⛹🏻‍♂️,他們實現了類似電池或人造神經網絡等結構🤲🏻。此外🤷‍♂️,他們將活細胞進行了特定排列👮🏽‍♀️,通過排列神經幹細胞並使其發育成了神經網絡🤾‍♂️,該技術有望在腦組織修復等場景大顯身手🦺。

Hagan Bayley介紹了將納米孔用於單分子化學研究的場景。首先是反應過程的檢測,其原理依然是不同物質對納米孔電流通性的影響,他以手性砷加合物為例,展現納米孔可以探測反應物若幹變化的順序發生過程,從而推斷復雜反應網絡的強大能力👨🏼‍🍼;其次👩🏿‍🦲,納米孔可用於進行分子定向移動的控製,通過對納米孔進行多處改造🥬,他們實現了對DNA進行的多步0.7nm步長的移動操作🦋;他們還將納米孔用於VOC(揮發性有機物)的檢測,尤其是醛類化合物的檢測上。

Hagan Bayley是一位備受尊敬的化學生物學家👩🏽‍🎤🪢,是納米孔測序技術的開發者之一,為測序技術領域作出了巨大貢獻🏋🏿‍♂️。他的工作在學術界和科研領域具有重要的歷史意義,影響了分子生物學、生物醫學研究以及藥物開發等領域的發展。他為意昂3体育師生奉獻了一場精彩異常的納米孔研究科普,在問答環節💘,他一一解答了觀眾提出的問題👨‍👦,並在會後與BIOPIC研究員等就科學問題和學術合作等進行了深入探討。

本次活動由意昂3体育官网主辦,生物醫學前沿創新中心👬、國際合作部承辦,並得到了意昂3体育官网教育基金會的支持。

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